CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种专注于DNA-蛋白互作研究的革新性工具，主要用于识别转录因子或组蛋白修饰在全基因组范围内的结合位点。CUT&Tag分析服务利用酶切与转座酶标记技术，精准定位转录因子或组蛋白修饰在基因组中的结合位点，助力研究DNA-蛋白互作机制，为基因组和表观遗传学研究提供精准解决方案。其高灵敏度、低背景噪声和对微量样本的优越适应性，使其在表观遗传学研究领域独树一帜。

Kaya-Okur, H.S. et al. Nat Commun. 2019.

CUT&Tag实验原理

在基因组和表观遗传学研究中，探索DNA-蛋白互作机制是理解基因调控的关键。转录因子通过结合启动子或增强子区域的特定DNA序列，调控RNA聚合酶的招募及基因转录启动，其结合效率决定基因表达的时空模式。组蛋白作为染色质的核心组成，通过翻译后修饰（如乙酰化、甲基化等）调控染色质开放程度和DNA可及性，从而影响转录因子与DNA的结合。这种结合既可能激活基因表达，也可能引发沉默效应。蛋白质-DNA互作分析可解析转录因子与组蛋白修饰在基因调控中的协同作用，为揭示表观遗传机制和疾病发生提供重要线索。

 Itou H,et al.J Biol Chem.2015.

晶体结构中观察到的蛋白质-DNA 相互作用

CUT&Tag使用ProteinA/G-Tn5融合蛋白直接结合目标蛋白，免除了传统方法的交联步骤，大幅降低背景噪声，并实现高分辨率的结合位点检测。相比传统ChIP-seq技术，CUT&Tag更适用于微量样本，特别是在组蛋白修饰和转录因子结合位点研究中展现卓越性能，是揭示基因调控机制的强大工具，为疾病研究和药物开发提供了高效解决方案。

百泰派克生物科技提供的CUT&Tag分析服务依托先进的Protein A/G-Tn5融合蛋白体系和高通量测序平台，专注于解析蛋白质-DNA互作，特别是转录因子结合位点和组蛋白修饰的全基因组分布。我们的服务涵盖从样本制备、测序到数据分析的全流程支持，提供全面的基因组注释、功能分析和信号通路解析，帮助客户精准揭示基因调控网络，为表观遗传学、疾病研究和新药开发提供高效解决方案：

1. 样本处理与磁珠结合

使用ConA磁珠与细胞膜上的糖蛋白结合，提取细胞核或直接利用细胞核样本。同时，通过洋地黄皂苷（digitonin）透化细胞膜以增强核膜通透性，为后续抗体结合创造条件。

2.一抗与二抗结合

加入针对靶标蛋白的特异性抗体（一抗）并进行孵育（如α-H3K27me3作为阳性对照，同型对照IgG作为阴性对照），随后洗涤去除非特异性结合。再加入二抗，确保抗体复合物成功结合靶标区域。

3. Protein A/G-Tn5转座体结合

采用Protein A/G-Tn5融合蛋白与抗体复合物结合，将Tn5转座酶精准定位到靶标蛋白结合的DNA区域，形成高效转座复合体，为后续片段化和接头连接奠定基础。

4. Tn5转座酶激活与DNA片段化

加入含Mg²⁺的反应液激活Tn5转座酶，在靶标DNA结合位点进行精准片段化，同时将测序接头直接插入DNA片段，完成文库前期构建。

5. 测序与生物信息分析

利用Illumina测序平台对文库进行高通量测序，获得高分辨率数据。结合专业的数据分析平台，完成质控、基因组比对、富集峰注释、Motif识别、GO功能分析和KEGG通路分析，为研究转录因子及组蛋白修饰的功能作用提供全面解析。

 Galli, S. et al. RSC Chem Biol. 2024.

CUT&Tag技术流程

技术优势

与传统的ChIP-seq技术相比，CUT&Tag在多个维度上表现优异：

·背景噪声更低：无需化学交联，减少非特异性结合。

·分辨率更高：可清晰定位到转录因子和组蛋白修饰的结合区域。

·加速实验周期：整合片段化与文库构建流程，大幅缩短实验周期​

送样建议

百泰派克生物科技的CUT&Tag分析服务通过高效的转座酶标记与酶切技术，为基因组和表观遗传学研究提供精准的蛋白-DNA互作分析。准确的样本制备和储存是实现高质量分析的关键，因此建议按照以下方法处理您的样本：

细胞样本

1. 清洗与消化：移除旧培养液后，用PBS清洗一次。加入适量胰蛋白酶（覆盖细胞层表面）轻轻消化。

2. 离心与洗涤：以1000rpm离心5分钟，去除上清后再用PBS清洗一次。

3. 保存准备：加入适量配制好的冻存培养液，轻轻吹匀细胞并进行计数。建议每管细胞数量≥50万个。

4. 分装与冷冻：将细胞分装到冻存管中，每管加入150μl冻存液，确保每个样本平行2-3管。样本应在-80℃冰箱中预冷后储存，并采用干冰运输。

组织样本

1. 取样与清洗：从活体获取的新鲜组织应使用PBS清洗表面污物。样本可在4℃的1640或DMEM培养基中临时存放，但需在3小时内完成后续处理。

2. 切割与处理：将组织切割成细小碎片或肉糜状，分装到多个冻存管中，建议每个样本分装2-3个管。

3. 冻存液准备：可选择以下两种方式：

·使用10% DMSO+90%胎牛血清的冻存液，保持4℃运输。

·液氮速冻储存，建议温度保持在-80℃以下，用干冰运输。

若有其他特殊样品，请随时与我们联系。

结果展示

案例分析

CUT&Tag 揭示组蛋白乳酸化修饰在胰腺导管腺癌（PDAC）中的基因组分布及其对基因表达的影响

研究利用CUT&Tag技术分析了乳酸化修饰在PDAC中的基因组分布及其对基因表达的影响。通过CUT&Tag绘制了组蛋白乳酸化（H3K18la）在胰腺癌细胞基因组中的结合图谱，研究发现H3K18la主要富集于肿瘤相关基因的启动子和增强子区域，结合RNA-seq数据表明，这些区域的乳酸化水平与糖酵解及肿瘤相关基因的高表达密切相关。研究进一步揭示了糖酵解代谢产生的乳酸可驱动组蛋白乳酸化，而乳酸化修饰又通过促进糖酵解关键基因的表达形成正反馈回路，从而加速肿瘤进展。通过这一机制，研究强调了乳酸化修饰在PDAC中的关键作用，并为肿瘤治疗提供了潜在的靶点。CUT&Tag技术灵敏高效地揭示了H3K18la的染色质结合特性，展现出其在解析组蛋白翻译后修饰机制中的重要优势。

Li, F. et al. Mol Cancer. 2024.

CUT&Tag分析以筛选H3K18la的结合位点

百泰派克生物科技的CUT&Tag分析服务能够高效挖掘基因调控的核心机制。我们的专业团队和先进平台为每一位客户提供高质量、可重复的研究数据，助力生命科学领域的重大突破。欢迎联系我们，了解更多关于CUT&Tag分析服务的详细信息。

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其他相关服务

特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

六、基因敲除

百泰派克生物科技（BTP）采用优化的CRISPR/Cas9系统为您提供高通量基因敲除服务，包括病毒包装、质粒制备、Cas9浓度测试等，为您解决选择哪个细胞进行敲除、可不可以敲除、如何敲除以及敲除效率如何等关键问题。可进行单/多基因敲除、移码突变和大序列敲除。我们的人全基因组基因敲除阵列Array文库覆盖了完整的人类全基因组，全基因组阵列敲除库已在人原代细胞全部完成高内涵筛选的验证，超过80%以上的靶点达到70%以上的敲除效率。

※服务优势：

1.样本适用性强

适用于人、小鼠的细胞系，原代细胞，免疫细胞及iPS细胞等。

2.基因必要性及表达量分析

在进行基因敲除实验前，我们会基于生物信息学和蛋白质组学数据对不同细胞中基因必要性及表达量进行分析，确保实验的可行性，降低实验风险。

3.gRNA无需从头设计和验证

我们完成了人类全基因组gRNA的全部验证，与药物相关的靶点也完成了PCR测序验证，无需针对客户的靶点设计预实验进行gRNA验证，大大缩短了项目周期。

4.高通量高效率

我们采用优化的CRISPR/Cas9系统进行高通量基因敲除，多个sgRNA/靶基因设计保证高敲除效率，超过80%靶点敲除效率在70%以上，短期内（10天内）即可提供高敲除效率的KO pool，满足绝大多数的应用场景。

5.敲除效率双验证

基因敲除后，我们采用WB实验中抗体KO验证的shǒuxuǎn方法——Sanger测序和深度蛋白质组学技术对敲除效率进行双验证，数据真实性的双重保障。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!